Cette suite de MeltyLancer : Ginga Shoujo Keisatsu 2086 se déroule 2 ans après, c'est-à-dire en 2088. Le gameplay principal consiste en des combats isométriques au tour par tour, ainsi que des interactions avec les autres personnages dans le style d'un roman visuel et d'une simulation de rencontre. Le joueur incarne une jeune recrue transférée dans une unité de la GPO (Galactic Police Organization) sous les ordres de Sylvie, l'héroïne du jeu précédent. Le but est d'apprendre des meilleurs et de faire respecter la loi.